姓 名

武思文

职 务

武思文课题组组长

职 称

副研究员

一级学科

生物信息学

二级学科

基因组学

联系邮箱

wsw@imbcams.com.cn

1. 脊椎动物基因组的基于染色体水平的组装和注释，以及使用群体遗传学的方法将动物性状与遗传背景相关联。

2．使用机器学习以及蛋白质语言模型的方法识别并对所有种类的核酸结合蛋白进行预测并分类。

3．基于结构、序列以及分子动力学的方法为脊髓灰质炎VLP筛选特定变异位点，从而提高其稳定性和表达量。

个人简介

一、教育经历（高中以后）。

2019年8月-2023年8月：博士，北卡罗来纳大学夏洛特分校，生物信息学

2016年9月-2019年7月：硕士，天津师范大学，计算机应用技术

2012年9月-2016年7月：本科，天津师范大学，信息工程（主修），经济学（辅修）

2024年10月-今天：副研究员，中国医学科学院医学生物学研究所

2023年9月-2024年9月：博士后，北卡罗来纳大学夏洛特分校，结构生物学

三、主要进修学习经历

代表性成果

一、论文

1. Siwen Wu, Jun-tao Guo, Improved prediction of DNA and RNA binding proteins with deep learning models, Briefings in Bioinformatics, Volume 25, Issue 4, July 2024, bbae285.

2. Wu S, Wang K, Dou T, Yuan S, Yan S, Xu Z, Liu Y, Jian Z, Zhao J, Zhao R, Zi X, Gu D, Liu L, Li Q, Wu DD, Jia J, Su Z, Ge C. High quality assemblies of four indigenous chicken genomes and related functional data resources. Sci Data. 2024 Mar 15;11(1):300.

3. Wu S, Wang K, Dou T, Yuan S, Wu DD, Ge C, Jia J, Su Z. High-quality genome assembly of a C. crossoptilon and related functional and genetics data resources. Sci Data. 2024 Feb 27;11(1):247.

4. Wu S, Dou T, Wang K, Yuan S, Yan S, Xu Z, Liu Y, Jian Z, Zhao J, Zhao R, Wu H, Gu D, Liu L, Li Q, Wu DD, Ge C, Su Z, Jia J. Artificial selection footprints in indigenous and commercial chicken genomes. BMC Genomics. 2024 Apr 30;25(1):428.

5. Wu S, Dou T, Yuan S, Yan S, Xu Z, Liu Y, Jian Z, Zhao J, Zhao R, Zi X, Gu D, Liu L, Li Q, Wu DD, Jia J, Ge C, Su Z, Wang K. Annotations of four high-quality indigenous chicken genomes identify more than one thousand missing genes in subtelomeric regions and micro-chromosomes with high G/C contents. BMC Genomics. 2024 May 1;25(1):430.

6. Siwen Wu, Jinbo Xu, Jun-tao Guo. Prediction of single-stranded DNA binding proteins with protein language model. International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM). 2024 Dec 02; 257-262.

7. Ni P, Wu S, Su Z. Underlying causes for prevalent false positives and false negatives in STARR-seq data. NAR Genom Bioinform. 2023 Sep 22;5(3):lqad085.

8. Ni P, Wu S, Su Z. Validated Negative Regions (VNRs) in the VISTA Database might be Truncated Forms of Bona Fide Enhancers. Advanced Genetics. 2024 May.

9. Chen J, Ni P, Wu S, Niu M, Guo J, Su Z. Prevalent use and evolution of exonic regulatory sequences in the human genome. Natural Sciences. 2023 Mar.

二、专利

无

无

荣誉奖励 

 无 

社会兼职

 无